Жемчужина состоит из ядра, основной части и оболочки. Ядро составляет не менее пятой части жемчужины. Иногда оно отсутствует, тогда место его нахождения угадывается по побелению в центре жемчужины, вызванному появлением пелитоморфного арагопита. Редко на месте ядра бывает пустота. На качество жемчуга ядро не влияет, роль его чисто генетическая: от него начинается рост жемчужины. В ядре можно обнаружить чужеродные тела. Это минералы, случайно попавшие в раковину, и сгустки органического вещества, отложившегося в результате патологических изменений в организме моллюска.

Минералы представлены зернами плагиоклазов, кварца, частичками пластинок каолинита и слюды. Скопления органического вещества имеют круглую или неправильную форму. Порой такое скопление занимает около половины поперечного среза жемчужины. В центре оно светлее, по краям грязно-коричневого цвета, мягкое. Круглые скопления обычно не содержат никаких примесей, неправильные - нередко вмещают хлопьевидные частички арагонита.

Ядро жемчужины часто окружено тонким слоем органического вещества, хорошо выделяющегося своим темным цветом на сером фоне кристаллов арагонита. Непосредственно на нем нарастает основная масса жемчужины. Она состоит из призматических (шестоватых) кристаллов арагонита, которые разделены тонкими органическими прослойками. Органическое вещество придает коричневатый оттенок всей жемчужине.

Призматические кристаллы арагонита имеют четырех-, пяти-, шести-, семи- и восьмиугольное сечение. Исследование поперечного сечения позволило выделить кристаллы трех типов и сростки. Кристаллы первого типа немногочисленны, сечение их четырех- и шестиугольное. В огранке принимают участие плоскости призм {010} (первый вид кристаллов), {010} и пинакоида {100} (второй вид). Кристаллы второго вида преобладают. Основной (габитусной) на всех кристаллах является призма {110}, пинакоид {100} всегда имеет подчиненное значение. По-видимому, кристаллы первого типа формировались раньше других. По сравнению с последующими выделениями арагонита грани их наиболее ровные. Кристаллы второго типа имеют неправильное многоугольное сечение, грани их обычно слегка вогнуты или выгнуты. Это по существу кривогранные кристаллические образования. Еще более кривогранны кристаллические образования арагонита третьего типа. По этой причине определение граней в них сильно затруднено. Каждый кристаллик арагонита вырастает на конхиолиновой (органической) основе и в конхиолиновом чехле.

Рассмотрение срезов призматических кристаллов в их прикорневой части позволяет предположить существование двух разностей конхиолина: одна в какой-то мере предопределяет форму будущего кристалла арагонита, другая, окружая кристалл своеобразным чехлом, обеспечивает его рост. Она же предохраняет кристаллы от слипания. В арагоните речного жемчуга в участках, где конхиолина много, иногда прослеживается еще один тип кристаллов. По аналогии с известными в минералогии образованиями этот арагонит следует назвать скелетным. И поперечных срезах он выявляется благодаря узким, двух- и трехгранным полоскам, которые повторяют очертания находящегося вблизи кристалла арагонита. Рамки скелетных образований обычно разорваны.

Призматические кристаллы обусловливают лучисто-скорлуповатое строение жемчужины. Оно - результат сезонного отложения карбоната кальция моллюском, чутко реагирующим на малейшие изменения внешней среды. Описанная слоистость близка к слоистости "пещерного" жемчуга, в котором по количеству слоев и их ширине можно определить возраст. Однако по отношению к жемчугу это вряд ли приемлемо; моллюск, в котором формируется жемчуг, реагирует не только на сезонные, но и на другие изменения окружающей обстановки.

Призматические кристаллы арагонита нарастают на тонкую прослойку органического вещества и как бы служат естественным продолжением предыдущего призматического слоя. В направлении к периферии жемчужины количество органического вещества в ней обычно уменьшается. Такие жемчужины слегка просвечивают. В жемчужинах, где органические прослойки очень тонкие, призматический кристаллик арагонита можно проследить на всю его длину. При заметной мощности прослоек органического вещества призмочки арагонита четко обособляются одна от другой, ориентировка их становится различной.

Интенсивность окраски многих жемчужин зависит от количества органического вещества, покрывающего торцы призматических кристаллов. Значительное площадное распространение его обусловливает коричневый цвет жемчужин. Оболочка как таковая в подобных жемчужинах отсутствует. На поверхности хорошо видны верхушки кристаллов арагонита, многие из них закруглены. Это позволяет предположить наличие на верхушках кристаллов небольших граней, которые, к сожалению, совсем не изучены. Не исследована и природа неправильных белых пятен, просвечивающих в глубине коричневых жемчужин.

На призматические слои нарастают пластинчатые слои арагонита, обусловливающие перламутровый блеск жемчуга. Ими иногда сложена не только оболочка, но и целая жемчужина. Такие жемчужины слегка просвечивают. Пластинки (их можно назвать кристалликами) чаще имеют гексагональный облик, реже встречаются четырех- и пятиугольные, неправильные. Величина их от 3 до 30 мкм в поперечнике, толщина до 2,2 мкм. Толщина перламутровой оболочки 0,5 мм. Как и в перламутровом слое раковины, пластинки арагонита в жемчуге ориентированы своей главной осью перпендикулярно поверхности нарастания, т. е. грань пиканоида {001} пластинок расположена параллельно плоскости слоев.

Как и кристаллы призматического слоя, пластинчатые кристаллы арагонита заключены в конхиолиновые чехлы-капсулы. Посредством их и тонких прокладок органического вещества пластинки разделяются между собой. Это же вещество скрепляет пластинки арагонита в компактный минерально-органический агрегат.

Пластинчатые слои нередко занимают лишь часть поверхности жемчужины, тогда как на других участках обнажаются призматические слои. К этому следует добавить, что иногда речь идет не столько о слоях, сколько о наплывах и даже пленках перламутра, легко очищаемых стальной иглой с поверхности жемчужины.

Проведенное геологом А. А. Кораго [1981] исследование строения пластинчатых слоев белой (ювелирной) и серой жемчужин показало, что для первой характерна высокая степень однородности. Она проявляется в одина ковых размерах и толщине выделяемых моллюском пластинок арагонита и склеивающих их пленок органического вещества. Оболочка серых жемчужин сложена пластинками арагонита, величина и толщина которых колеблются в широких пределах. Крайне непостоянна мощность прослоек органического вещества. Существенно различаются обе жемчужины также по поверхности (простой в ювелирной жемчужине и сложной в серой), характер которой зависит от расположения пластинчатых кристаллов в оболочках.

Речные жемчужины сложены в основном слоями призматических кристаллов арагонита. Пластинчатый (перламутровый) слой на них имеет небольшую толщину.Видимо, поэтому такие жемчужины переливают бледным лунным светом.

Морские и пресноводные жемчужины несколько различаются по строению. Драгоценные морские жемчужины сложены слоями пластинчатых кристаллов арагонита, призматических кристаллов у них нет. Однако строение жемчуга из раковин мидии не подчиняется этому правилу. Жемчужины, выловленные в Феодосийской бухте, состоят в основном не из пластинчатых слоев, а из призматических кристаллов арагонита, серых в центре и белых на периферии. Слои разделены тонкими прокладками органического вещества. Ширина концентров - сотые-тысячные доли миллиметра.

Детальное исследование черноморского жемчуга произвели Е. Ф. Шнюков и Д. П. Деменко [1983]. С помощью электронно-микроскопических исследований они определили в ядре жемчужин кристаллы кальцита и гидрослюды и впервые зафиксировали в строении жемчуга слой рыхлого колломорфного арагонита. Этот слой пронизан многочисленными порами, направленными от периферии к центру. Поры разветвляются и, по мнению исследователей, являются нижними каналами в жемчужине. В отдельных жемчужинах развит не один, а два колломорфных слоя, хорошо разделяющиеся между собой. Однако в таком случае в обоих слоях поры отсутствуют. Поверхность колломорфного слоя покрыта пластинчатыми кристаллами арагонита. Там, где колломорфный слой отсутствует, жемчужина целиком слагается пластинками арагонита сечением 3-4 мкм. Поверхность пластинок усеяна многочисленными бугорками, сферическими образованиями и изредка пронизана порами. Скол пластинок раковистый. Шнюков и Деменко обнаружили на поперечном сколе после травления слабым раствором щелочи NaOH удлиненно-призматические волокна длиной 0,2-2,0 и толщиной 0,04-0,1 мкм. Волокна ориентированы в основном перпендикулярно поверхности пластинок. Па призматических гранях волокон заметны поперечные штрихи роста.

Качество жемчуга определяется четырьмя признаками: блеском, цветом, формой и размером. Главный признак - блеск, а затем цвет.